De opleiding neurochirurgie duurt zes jaar (gebaseerd op een volledige werkweek) en is opgebouwd uit thema’s. De thema-indeling zorgt voor een structuur in de veelheid van beroepsactiviteiten of beroepssituaties die door de opleiding moet worden gedekt. Het landelijk opleidingsplan (MOTION) is opgesteld door de wetenschappelijke vereniging en door het College Geneeskundig Specialismen vastgesteld. Het plan beschrijft de structuur en inhoud van de opleiding tot de betreffende medisch specialist.
Het Neurochirurgisch Centrum Amsterdam heeft nu nog twee opleidingen : één in het AMC (opleider: prof.dr. W.P. Vandertop) en één in VUmc (opleider: prof.dr. S.M. Peerdeman).